המבקר הפנימי מבצע ביקורת על מגוון פעולותיהם של מנהל ההסתדרות והגופים האחרים העומדים לביקורתו, כדי להבטיח פיקוח על כספי ציבור ונשיאה באחריות. במילוי תפקידיו יש למבקר הפנימי גישה לחשבונותיהם של כל הגופים, הכפופים לביקורתו, לכל מסמכיהם וכן למאגרי המידע שלהם.
ההיבטים שעל המבקר הפנימי לבחון: חוקיות וסדירות, חיסכון, יעילות, מועילות (אפקטיביות) וטוהר המידות:
א. חוקיות וסדירות - בדיקת חוקיותה של פעולה, שעשה נבחר או עובד שהפעיל סמכות, או הוציא כספי ציבור, נועדה לברר אם היה מסמכותו החוקית לבצע את הפעולה; ובדיקת סדירותן של פעולות שננקטו, או הוצאות שהוצאו, נועדה לברר את מידת ההקפדה על קיום חוקים, נהלים, ונורמות ראויות.
ב. חיסכון, יעילות ומועילות (אפקטיביות) - בביקורת החיסכון נבדקות בעיקר תשומות שהושקעו בפעולה הנבדקת, ובביקורת היעילות נבדק היחס בין התשומות לתפוקות, ואילו בביקורת מועילות (האפקטיביות) נבדקות התפוקות שהושגו, דהיינו האם יעדה של הפעולה, כפי שקבעו אותו הגופים המוסמכים, אמנם הושג.
ג. טוהר המידות - בדיקת עמידתם של נבחרים ועובדים בנורמות וכללי התנהגות מחייבים, כגון: האם נעשו פעולות שהיו בהן ניגודי עניינים, שיקולים זרים, משוא פנים או ניצול מעמד ושררה. בתחומים בהם כללי התנהגות אינם מוסדרים בחוקים, בנהלים כתובים ובפסיקה, קובע המבקר הפנימי את הנורמה הראויה, כדי למנוע החלטות ומעשים לא נאותים. לא אחת, מקבלות נורמות אלו לאחר מכן מעמד מחייב, בנהלים.
